Да, VD1 и VD2 одинаковые.
У меня в 3.3В индикаторе стоят не BAV99, а BAT54S (pdf) с маркировкой WV4 - диоды Шоттки включенные аналогично BAV99, возможно в 5В индикаторы ставятся именно BAV99.
И маркировка A7 указывает именно на BAV99, это чуть хуже BAT54S из-за большего падения и соответственно чуть меньшего напряжения на выходе Uee встроенного преобразователя, но от 5В хватает.